Empecemos por el nuevo juego. En realidad es un "remake" de las ediciones Pokémon Rubí y Zafiro, pero esta vez la historia se centrará en Rayquaza. En otras palabras, Pokémon Esmeralda es a lo que fue Pokémon Cristal con las ediciones Oro y Plata. Pero incluye un montón de novedades nunca vistas antes en Rubí y Zafiro, por lo que se hace obligada su compra para explorar las nuevas áreas no exploradas antes en Hoenn.

Para empezar, los personajes principales han sido rediseñados. Ahora el entrenador, Bruno, y la entrenadora, Aura (conocidos como  Yuuki y Haruka en las versiones japonesas) lucirán nuevos trajes, al igual que su equipo, como es la mochila o el PokeNav, que incluye una agenda para almacenar los números de los entrenadores y volver a luchar contra estos.

Otra de las novedades es que los entrenadores de las rutas se unirán para luchar contra tu equipo Pokémon, por lo que en una misma ruta podrás luchar contra el mismo entrenador en batallas convencionales o las estratégicas batallas dobles.