La historia girará entorno a Dialga y Palkia, los legendarios de estas ediciones y se desarrollará en una nueva región, llamada Sinnoh. El pueblo en el que iniciaremos la aventura Pokémon será Pueblo Hojaverde. Aunque viajaremos hasta Pueblo Arena para visitar al Profesor Serbal para conseguir nuestro primer Pokémon tras encontrar su maletín en el Orilla Veraz junto con tu primer rival. Sí, has entendido bien, pues tendrás un segundo rival será el/la hijo/a del Profesor.

La mayoría de Pokémon que te encontrarás en Sinnoh son totalmente nuevos y con uno de los nuevos Pokémon de principiantes empezarás, Turtwig, Chimchar o Piplup. La mitad de los nuevos Pokémon son evoluciones o preevoluciones de anteriores generaciones, un ejemplo es Roselia, su preevolución es Budew y su evolución Roserade.

Como viene siendo habitual desde Pokémon Cristal, podremos elegir entre ser chico o chica. También tendremos un nuevo rival, con el que competiremos que nos encontraremos en diferentes partes de nuestro camino. Además, durante nuestro camino, combatiremos junto a nuestros rivales para resolver situaciones complicadas y ayudaremos a otros durante su viaje.